西元1167年英格蘭與法蘭西戰(zhàn)爭之際，一些在巴黎大學(xué)研究的學(xué)者離開巴黎至牛津定居，同時吸引更多學(xué)者前來，西元12世紀(jì)末，牛津大學(xué)已成規(guī)模，西元13世紀(jì)中期之后各個學(xué)院陸續(xù)成立，開始牛津大學(xué)的璀璨歲月。
    牛津大學(xué)是英語國家中最古老的大學(xué)。在12世紀(jì)之前，英國是沒有大學(xué)的，人們都是去法國和其它歐陸國家求學(xué)。1167年，當(dāng)時的英格蘭國王同法蘭西國王發(fā)生爭吵，英王一氣之下，把寄讀于巴黎大學(xué)的英國學(xué)者召回，禁止他們再去巴黎大學(xué)。另一說法是，法王一氣之下，把英國學(xué)者從巴黎大學(xué)趕回英國。不管如何，這些學(xué)者從巴黎回國，聚集于牛津，從事經(jīng)院哲學(xué)的教學(xué)與研究。于是人們開始把牛津作為一個“總學(xué)”，這實際上就是牛津大學(xué)的前身。學(xué)者們之所以會聚集在牛津，是由于當(dāng)時亨利二世把他的一個宮殿建在牛津，學(xué)者們?yōu)槿〉脟醯谋Ｗo(hù)，就來到了這里。12世紀(jì)末，牛津被稱為“師生大學(xué)”。1201年，它有了第一位校長。1213年，該校從羅馬教皇的使節(jié)那里得到第一張?zhí)卦S狀。
    正是在中世紀(jì)，那些思想活躍、生活不羈、常賒欠債務(wù)的青年學(xué)生，不可避免地與當(dāng)?shù)鼐用癜l(fā)生沖突。劍橋大學(xué)的創(chuàng)辦也是13世紀(jì)初。其中最大的一次沖突，幾百名學(xué)生被亂箭射死。這件事的結(jié)果是國王出面鎮(zhèn)壓，并判市民賠償牛津大學(xué)500年費用。
    構(gòu)成牛津大學(xué)的學(xué)院有許多在13至16世紀(jì)之間創(chuàng)立，基督教會學(xué)院是1525年渥西樞機主教創(chuàng)建，作為培訓(xùn)主教的教會學(xué)院。湯姆方園里的塔樓上半部是列恩在1682年建造，為本市最大型塔樓。1648年湯姆大鐘掛上時，學(xué)院共有101名學(xué)生，因此在晚上9：05分(牛津的時間比格林威治慢5分鐘)大鐘敲101下，提醒學(xué)生注意宵禁(1963年起不再實施)。
    默頓學(xué)院是牛津最古老的學(xué)院(1264年)。其它有：新學(xué)院(1379年)、皇后學(xué)院(1695年)等。每所學(xué)院均有其輝煌的歷史、神話般的建筑遺跡，可以描畫出各種有趣的史實。
    17世紀(jì)內(nèi)戰(zhàn)期間許多戰(zhàn)役在牛津附近開打，此地曾為受學(xué)生支持的查理一世的總司令部。當(dāng)?；庶h員被迫逃離牛津時，克倫維爾自封為大學(xué)的校長。