分兩種情況來(lái)處理：
    第一種是，超過(guò)90天的增值稅發(fā)票經(jīng)過(guò)了認(rèn)證的處理；
    第二種是，超過(guò)90天的增值說(shuō)發(fā)票沒(méi)有認(rèn)證的處理。
    根據(jù)《國(guó)家稅務(wù)總局關(guān)于修訂〈增值稅專(zhuān)用發(fā)票使用規(guī)定〉的通知》（國(guó)稅發(fā)[2006]156號(hào)）第二十六條的規(guī)定：“經(jīng)認(rèn)證，有下列情形之一的，不得作為增值稅進(jìn)項(xiàng)稅額的抵扣憑證，稅務(wù)機(jī)關(guān)退還原件，購(gòu)買(mǎi)方可要求銷(xiāo)售方重新開(kāi)具專(zhuān)用發(fā)票。
    （一）無(wú)法認(rèn)證
    本規(guī)定所稱(chēng)無(wú)法認(rèn)證，是指專(zhuān)用發(fā)票所列密文或者明文不能辨認(rèn)，無(wú)法產(chǎn)生認(rèn)證結(jié)果。
    （二）納稅人識(shí)別號(hào)認(rèn)證不符
    本規(guī)定所稱(chēng)納稅人識(shí)別號(hào)認(rèn)證不符，是指專(zhuān)用發(fā)票所列購(gòu)買(mǎi)方納稅人識(shí)別號(hào)有誤。
    （三）專(zhuān)用發(fā)票代碼、號(hào)碼認(rèn)證不符
    本規(guī)定所稱(chēng)專(zhuān)用發(fā)票代碼、號(hào)碼認(rèn)證不符，是指專(zhuān)用發(fā)票所列密文解譯后與明文的代碼或者號(hào)碼不一致。
    根據(jù)《國(guó)家稅務(wù)總局關(guān)于修訂〈增值稅專(zhuān)用發(fā)票使用規(guī)定〉的通知》（國(guó)稅發(fā)[2006]156號(hào)）的規(guī)定：
    第十四條一般納稅人取得專(zhuān)用發(fā)票后，發(fā)生銷(xiāo)貨退回、開(kāi)票有誤等情形但不符合作廢條件的，或者因銷(xiāo)貨部分退回及發(fā)生銷(xiāo)售折讓的，購(gòu)買(mǎi)方應(yīng)向主管稅務(wù)機(jī)關(guān)填報(bào)《開(kāi)具紅字增值稅專(zhuān)用發(fā)票申請(qǐng)單》，　《申請(qǐng)單》所對(duì)應(yīng)的藍(lán)字專(zhuān)用發(fā)票應(yīng)經(jīng)稅務(wù)機(jī)關(guān)認(rèn)證。
    經(jīng)認(rèn)證結(jié)果為“認(rèn)證相符”并且已經(jīng)抵扣增值稅進(jìn)項(xiàng)稅額的，一般納稅人在填報(bào)《申請(qǐng)單》時(shí)不填寫(xiě)相對(duì)應(yīng)的藍(lán)字專(zhuān)用發(fā)票信息。
    經(jīng)認(rèn)證結(jié)果為“納稅人識(shí)別號(hào)認(rèn)證不符”、“專(zhuān)用發(fā)票代碼、號(hào)碼認(rèn)證不符”的，一般納稅人在填報(bào)《申請(qǐng)單》時(shí)應(yīng)填寫(xiě)相對(duì)應(yīng)的藍(lán)字專(zhuān)用發(fā)票信息。
    第十五條《申請(qǐng)單》一式兩聯(lián)：第一聯(lián)由購(gòu)買(mǎi)方留存；第二聯(lián)由購(gòu)買(mǎi)方主管稅務(wù)機(jī)關(guān)留存?！渡暾?qǐng)單》應(yīng)加蓋一般納稅人財(cái)務(wù)專(zhuān)用章。
    第十六條
    主管稅務(wù)機(jī)關(guān)對(duì)一般納稅人填報(bào)的《申請(qǐng)單》進(jìn)行審核后，出具《開(kāi)具紅字增值稅專(zhuān)用發(fā)票通知單》。《通知單》應(yīng)與《申請(qǐng)單》一一對(duì)應(yīng)。
    第十七條《通知單》一式三聯(lián)：第一聯(lián)由購(gòu)買(mǎi)方主管稅務(wù)機(jī)關(guān)留存；第二聯(lián)由購(gòu)買(mǎi)方送交銷(xiāo)售方留存；第三聯(lián)由購(gòu)買(mǎi)方留存?！锻ㄖ獑巍窇?yīng)加蓋主管稅務(wù)機(jī)關(guān)印章。
    《通知單》應(yīng)按月依次裝訂成冊(cè)，并比照專(zhuān)用發(fā)票保管規(guī)定管理。
    第十八條
    購(gòu)買(mǎi)方必須暫依《通知單》所列增值稅稅額從當(dāng)期進(jìn)項(xiàng)稅額中轉(zhuǎn)出，未抵扣增值稅進(jìn)項(xiàng)稅額的可列入當(dāng)期進(jìn)項(xiàng)稅額，待取得銷(xiāo)售方開(kāi)具的紅字專(zhuān)用發(fā)票后，與留存的《通知單》一并作為記賬憑證。屬于本規(guī)定第十四條第四款所列情形的，不作進(jìn)項(xiàng)稅額轉(zhuǎn)出。
    第十九條銷(xiāo)售方憑購(gòu)買(mǎi)方提供的《通知單》開(kāi)具紅字專(zhuān)用發(fā)票，在防偽稅控系統(tǒng)中以銷(xiāo)項(xiàng)負(fù)數(shù)開(kāi)具。紅字專(zhuān)用發(fā)票應(yīng)與《通知單》一一對(duì)應(yīng)。
    根據(jù)《國(guó)家稅務(wù)總局關(guān)于增值稅一般納稅人取得防偽稅控系統(tǒng)開(kāi)具的增值稅專(zhuān)用發(fā)票進(jìn)項(xiàng)稅額抵扣問(wèn)題的通知（國(guó)稅發(fā)[2003]17號(hào)）》規(guī)定：一、增值稅一般納稅人申請(qǐng)抵扣的防偽稅控系統(tǒng)開(kāi)具的增值稅專(zhuān)用發(fā)票，必須自該專(zhuān)用發(fā)票開(kāi)具之日起90日內(nèi)到稅務(wù)機(jī)關(guān)認(rèn)證，否則不予抵扣進(jìn)項(xiàng)稅額。二、增值稅一般納稅人認(rèn)證通過(guò)的防偽稅控系統(tǒng)開(kāi)具的增值稅專(zhuān)用發(fā)票，應(yīng)在認(rèn)證通過(guò)的當(dāng)月按照增值稅有關(guān)規(guī)定核算當(dāng)期進(jìn)項(xiàng)稅額并申報(bào)抵扣，否則不予抵扣進(jìn)項(xiàng)稅額。根據(jù)根據(jù)國(guó)稅函[2003]962號(hào)文件規(guī)定：
    增值稅一般納稅人發(fā)生銷(xiāo)售貨物、提供應(yīng)稅勞務(wù)開(kāi)具增值稅專(zhuān)用發(fā)票后，如發(fā)生銷(xiāo)貨退回、銷(xiāo)售折讓以及原藍(lán)字專(zhuān)用發(fā)票填開(kāi)錯(cuò)誤等情況，視不同情況分別按以下辦法處理（一）銷(xiāo)貨方如果在開(kāi)具藍(lán)字專(zhuān)用發(fā)票的當(dāng)月收到購(gòu)貨方退回的發(fā)票聯(lián)和抵扣聯(lián)，而且尚未將記帳聯(lián)作帳務(wù)處理，可對(duì)原藍(lán)字專(zhuān)用發(fā)票進(jìn)行作廢。即在發(fā)票聯(lián)、抵扣聯(lián)連同對(duì)應(yīng)的存根聯(lián)、記帳聯(lián)上注明“作廢”字樣，并依次粘貼在存根聯(lián)后面，同時(shí)對(duì)防偽稅控開(kāi)票子系統(tǒng)的原開(kāi)票電子信息進(jìn)行作廢處理。如果銷(xiāo)貨方已將記帳聯(lián)作帳務(wù)處理，則必須通過(guò)防偽稅控系統(tǒng)開(kāi)具負(fù)數(shù)專(zhuān)用發(fā)票作為扣減銷(xiāo)項(xiàng)稅額的憑證，不得作廢已開(kāi)具的藍(lán)字專(zhuān)用發(fā)票，也不得以紅字普通發(fā)票作為扣減銷(xiāo)項(xiàng)稅額的憑證。根據(jù)《國(guó)家稅務(wù)總局關(guān)于進(jìn)一步做好增值稅納稅申報(bào)“一窗式”管理工作的通知》文號(hào)：國(guó)稅函［2003］962號(hào)增值稅一般納稅人發(fā)生銷(xiāo)售貨物、提供應(yīng)稅勞務(wù)開(kāi)具增值稅專(zhuān)用發(fā)票后，如發(fā)生銷(xiāo)貨退回、銷(xiāo)售折讓以及原藍(lán)字專(zhuān)用發(fā)票填開(kāi)錯(cuò)誤等情況，銷(xiāo)貨方如果在開(kāi)具藍(lán)字專(zhuān)用發(fā)票的次月及以后收到購(gòu)貨方退回的發(fā)票聯(lián)和抵扣聯(lián)，不論是否已將記帳聯(lián)作帳務(wù)處理，一律通過(guò)防偽稅控系統(tǒng)開(kāi)具負(fù)數(shù)專(zhuān)用發(fā)票扣減銷(xiāo)項(xiàng)稅額的憑證，不得作廢已開(kāi)具的藍(lán)字專(zhuān)用發(fā)票，也不得以紅字普通發(fā)票作為扣減銷(xiāo)項(xiàng)稅額的憑證。（二）因購(gòu)貨方無(wú)法退回專(zhuān)用發(fā)票的發(fā)票聯(lián)和抵扣聯(lián)，銷(xiāo)貨方收到購(gòu)貨方當(dāng)?shù)刂鞴芏悇?wù)機(jī)關(guān)開(kāi)具的《進(jìn)貨退出或索取折讓證明單》的，一律通過(guò)防偽稅控系統(tǒng)開(kāi)具負(fù)數(shù)專(zhuān)用發(fā)票作為扣減銷(xiāo)項(xiàng)稅額的憑證，不得作廢已開(kāi)具的藍(lán)字專(zhuān)用發(fā)票，也不得以紅字普通發(fā)票作為扣減銷(xiāo)項(xiàng)稅額的憑證。
    因此，通過(guò)以上分析，可以得出以下結(jié)論：
    （一）如果超過(guò)90天的增值稅發(fā)票經(jīng)過(guò)認(rèn)證（在90天的有效期內(nèi)的某天進(jìn)行認(rèn)證的，90天后還沒(méi)有去處理），認(rèn)證結(jié)果出現(xiàn)了上面所說(shuō)的三種情形：無(wú)法認(rèn)證，納稅人識(shí)別號(hào)認(rèn)證不符，專(zhuān)用發(fā)票代碼、號(hào)碼認(rèn)證不符，稅務(wù)機(jī)關(guān)退還原件，則該張專(zhuān)用發(fā)票不得作為增值稅進(jìn)項(xiàng)稅額的抵扣憑證，購(gòu)買(mǎi)方可要求銷(xiāo)售方重新開(kāi)具專(zhuān)用發(fā)票。
    （二）如果超過(guò)90天的增值稅發(fā)票未經(jīng)過(guò)認(rèn)證，則該張專(zhuān)用發(fā)票超過(guò)90天認(rèn)證期限，不能退回銷(xiāo)售方，要求銷(xiāo)售方開(kāi)具紅字發(fā)票。