國家食品藥品監(jiān)督管理局的主要職能主要包括以下幾點：
    1.組織有關部門起草食品、保健品、化妝品安全管理方面的法律、行政法規(guī)；組織有關部門制定食品、保健品、化妝品安全管理的綜合監(jiān)督政策、工作規(guī)劃并監(jiān)督實施。
    2.依法行使食品、保健品、化妝品安全管理的綜合監(jiān)督職責，組織協(xié)調有關部門承擔的食品、保健品、化妝品安全監(jiān)督工作。
    3.依法組織開展對食品、保健品、化妝品重大安全事故的查處；根據(jù)國務院授權，組織協(xié)調開展全國食品、保健品、化妝品安全的專項執(zhí)法監(jiān)督活動；組織協(xié)調和配合有關部門開展食品、保健品、化妝品安全重大事故應急救援工作。
    4.綜合協(xié)調食品、保健品、化妝品安全的檢測和評價工作；會同有關部門制定食品、保健品、化妝品安全監(jiān)管信息發(fā)布辦法并監(jiān)督實施，綜合有關部門的食品、保健品、化妝品安全信息并定期向社會發(fā)布。
    5.起草藥品管理的法律、行政法規(guī)并監(jiān)督實施；依法實施中藥品種保護制度和藥品行政保護制度。
    6.起草醫(yī)療器械管理的法律、行政法規(guī)并監(jiān)督實施；負責醫(yī)療器械產品注冊和監(jiān)督管理；起草有關國家標準，擬訂和修訂醫(yī)療器械產品行業(yè)標準、生產質量管理規(guī)范并監(jiān)督實施。
    7.注冊藥品，擬訂、修訂和頒布國家藥品標準；擬訂保健品市場準入標準，負責保健品的審批工作；制定處方藥和非處方藥分類管理制度，建立和完善藥品不良反應監(jiān)測制度，負責藥品再評價、淘汰藥品醫(yī).學教育網(wǎng)搜集整理的審核和制定國家基本藥物目錄的工作。
    8.擬訂和修訂藥品研究、生產、流通、使用方面的質量管理規(guī)范并監(jiān)督實施。
    9.監(jiān)督生產、經(jīng)營企業(yè)和醫(yī)療機構的藥品、醫(yī)療器械質量，定期發(fā)布國家藥品、醫(yī)療器械質量公報；依法查處制售假劣藥品、醫(yī)療器械等違法行為。
    10.依法監(jiān)管放射性藥品、麻醉藥品、醫(yī)療用毒性藥品、精神藥品及特種藥械。
    11.擬訂和完善執(zhí)業(yè)藥師資格準入制度，監(jiān)督和指導執(zhí)業(yè)藥師注冊工作。
    12.指導全國藥品監(jiān)督管理和食品、保健品、化妝品安全管理的綜合監(jiān)督工作。
    13.開展藥品監(jiān)督管理和食品、保健品、化妝品安全管理有關的政府間、國際組織間的交流與合作。
    14.承辦國務院交辦的其他事項。
    同時，省級藥品監(jiān)督管理部門為省級人民政府的綜合監(jiān)督食品、保健品、化妝品安全管理和主管藥品監(jiān)督管理的直屬機構，它的職能由省級人民政府根據(jù)國務院的改革方案，在國家食品藥品監(jiān)督管理局的指導下，結合本省的實際情況制定，在轄區(qū)內實施藥品的監(jiān)督管理工作和其他相關的工作。