生物凈化包括生物吸收、分解、降解和轉(zhuǎn)化等，如植物可吸收土壤中的酚、氰并在體內(nèi)轉(zhuǎn)化為酚糖苷、氰糖苷；鳳眼蓮可吸收水體中的汞、鎘、砷等污染物，其根系微生物可降解轉(zhuǎn)化污水中的有機(jī)物；球衣菌可分解酚、氰為二氧化碳和水；一般需氧微生物能把污水中的有機(jī)物分解成二氧化碳、水、氨氮、磷等，而厭氧微生物則可把有機(jī)物分解為甲烷、硫化氫、硫醇、氨、二氧化碳等。通過(guò)生物吸收、分解和轉(zhuǎn)化使污染物（有機(jī)物）無(wú)機(jī)化的過(guò)程是生物凈化的主要途徑。此外尚有使有機(jī)物腐殖化（經(jīng)土壤微生物的分解、合成成為腐殖質(zhì)，此時(shí)病原微生物及寄生蟲(chóng)卵均已死灰）等。