陰陽學(xué)說在疾病治療方面的應(yīng)用主要就是確定治療原則。包括兩個(gè)方面：
    1.陰陽偏盛的治療原則：
    陰陽偏盛表現(xiàn)為邪氣盛的實(shí)證，故治療時(shí)采用“瀉其有余”（實(shí)者瀉之)的原則。凡陰盛的實(shí)寒證，用“寒者熱之”的治則；陽盛的實(shí)熱證，用“熱者寒之”的治則。此外，臨床上還必須根據(jù)病程的長短，注意其有無相應(yīng)的或陰或陽的損傷情況。因?yàn)殛幨⒖梢詫?dǎo)致陽氣損傷（陰長陽消)，陽盛可以導(dǎo)致陰液耗損（陽長陰消)。如果陰或陽偏盛而其相對的一方并沒有造成明顯的虛損時(shí)，只需采用單純的“瀉其有余”治則即可；若其相對的一方已有明顯的偏衰時(shí)，則當(dāng)兼顧其虛弱的一面，即在“瀉其有余”的同時(shí)，配用“補(bǔ)其不足”（補(bǔ)陽或補(bǔ)陰)之法。
    2.陰陽偏衰的治療原則：
    陰陽偏衰表現(xiàn)為正氣不足的虛證，故治宜采取“補(bǔ)其不足”（虛者補(bǔ)之)的原則。凡陰虛不能制陽而致陽亢（陰消陽長)的虛熱證，宜用補(bǔ)陰治之；陽虛不能制陰而致陰盛（陽消陰長)的虛寒證，宜用補(bǔ)陽治之。這種治療原則，稱之為“陽病治陰，陰病治陽”；又稱作“壯水之主，以制陽光”，“益火之源，以消陰翳”。這是針對單純虛證的治療原則。若虛中夾實(shí)病證，則當(dāng)兼顧其實(shí)的一面，即在“補(bǔ)其不足”的同時(shí)，配用“瀉其有余”（瀉其陽亢或陰盛)之法。