我國的教育撥款制度，從根本上說，還是行政主導(dǎo)、政府說了算，學(xué)校只是向教育部門、財(cái)政部門討錢花。這種撥款制度，確定預(yù)算、撥款和經(jīng)費(fèi)使用都比較“任性”，會(huì)產(chǎn)生諸多問題。其一，政府部門可能不保障教育投入，這種情況在2012年之前長期存在，我國財(cái)政性教育投入2012年才達(dá)到GDP的4%，導(dǎo)致教育欠債、缺錢花。其二，政府部門在確定教育投入項(xiàng)目時(shí)，有一些很隨意，在立項(xiàng)批準(zhǔn)預(yù)算，把錢拿到手之后，卻不知道這些錢該怎么用，以至于資金被閑置、挪用、侵占，這在科研項(xiàng)目中，也普遍存在。其三，教育經(jīng)費(fèi)的使用效率不高，有的經(jīng)費(fèi)被用于形象、政績工程，真正迫切需要雪中送炭的，得不到關(guān)注。比如，在學(xué)校建設(shè)中，就存在重硬件，輕軟件——教師隊(duì)伍建設(shè)的問題。概而言之，就是一邊缺錢，一邊錢花不出，一邊亂用錢。
    要防止這些問題，有必要改革由政府主導(dǎo)的撥款體系，建立國家和地方教育撥款委員會(huì)。這一撥款委員會(huì)的責(zé)任，是根據(jù)教育法律法規(guī)、各校的辦學(xué)任務(wù)，確定教育撥款預(yù)算，并監(jiān)督政府部門撥款、檢查撥款使用的效率。建立這要的撥款體系，首先，約束行政部部門的權(quán)力，確保政府部門能按預(yù)算撥款，而不是“任性”地想撥就撥，不撥就撥。
    其次，在制訂撥款預(yù)算時(shí)，會(huì)更重視民眾的意見，把錢用到最需要的地方，比如，過去多年來，我國在推進(jìn)義務(wù)教育均衡時(shí)，一直要求政府部門能轉(zhuǎn)變教育資源配置模式，重視均衡投入，可是不少地方政府還是愛做錦上添花的事，還是以錦標(biāo)主義思維撥款，如果由撥款委員會(huì)確定預(yù)算，就可能把義務(wù)教育均衡作為重點(diǎn)，重視對薄弱學(xué)校的撥款。
    再次，避免政府部門用撥款權(quán)，干涉學(xué)校的辦學(xué)自主權(quán)，目前，不少地方政府的教育撥款，是與行政評審、評價(jià)聯(lián)在一起的，立項(xiàng)式撥款，這一特點(diǎn)特別鮮明，而如果學(xué)校沒有財(cái)政獨(dú)立性，也就難獲得自主辦學(xué)空間，由撥款委員會(huì)負(fù)責(zé)撥款預(yù)算，當(dāng)然也會(huì)根據(jù)學(xué)校的辦學(xué)成績(基礎(chǔ)教育在于促進(jìn)公平，高等教育在于特色和效益)，進(jìn)行撥款調(diào)整，但依據(jù)的不是政府行政評價(jià)，而是專業(yè)評價(jià)和社會(huì)評價(jià)。